Un salarié reçoit son bulletin de paie après cinq jours d’arrêt maladie et découvre une retenue qu’il n’avait pas anticipée. Le problème ne vient pas du montant des indemnités journalières, mais du décalage entre le délai de carence Sécurité sociale et celui de l’employeur, deux mécanismes distincts qui se cumulent rarement comme on le croit.
Carence CPAM et carence employeur : deux compteurs qui ne démarrent pas ensemble
On confond souvent les deux parce qu’on parle de « jours de carence » dans les deux cas. La Sécurité sociale applique un délai de carence de 3 jours calendaires avant de verser les IJSS. L’employeur, lui, dispose d’un délai de carence légal de 7 jours avant d’être tenu au maintien de salaire (sous réserve d’un an d’ancienneté).
Concrètement, sur un arrêt maladie ordinaire, les 3 premiers jours ne génèrent aucune IJSS. Du côté employeur, le maintien de salaire légal ne commence qu’au 8e jour. Entre le 4e et le 7e jour, seules les IJSS couvrent une partie du salaire, sauf si la convention collective ou un accord de branche prévoit mieux.
C’est dans cet intervalle que la perte financière se concentre pour beaucoup de salariés. Les retours varient sur ce point selon les secteurs : dans la convention Prévention et sécurité, par exemple, les cadres bénéficient d’un maintien de salaire sans délai de carence employeur, alors que d’autres branches appliquent strictement les 7 jours légaux.
Arrêts successifs et fractionnement : la règle qui change en septembre 2026
Jusqu’à récemment, une pratique courante consistait à enchaîner des arrêts entrecoupés de courtes reprises pour limiter l’impact financier de la carence. Le schéma « arrêt, reprise, arrêt » permettait parfois de conserver le bénéfice des IJSS sur les périodes non prescrites entre deux arrêts.
Cette mécanique est remise en cause. À compter du 1er septembre 2026, les périodes non couvertes par un avis médical entre deux arrêts ne donnent plus droit aux IJSS. Fractionner ses arrêts pour éviter la carence n’a donc plus d’intérêt financier.
Le décret n° 2026-498 introduit aussi un plafonnement de la durée de prescription : 31 jours pour une première prescription, 62 jours pour chaque prolongation. Un arrêt qui dépasse ces seuils sans justification médicale complémentaire ne sera pas indemnisé par l’Assurance Maladie.
Ce que cela change pour les arrêts longs
Pour les arrêts liés à un accident du travail ou une maladie professionnelle, la durée de versement des IJSS sera plafonnée à 4 ans pour les sinistres survenant à compter du 1er janvier 2027. Une nouvelle période de 4 ans ne peut s’ouvrir qu’après au moins un an de reprise effective.
Cette règle modifie en profondeur les stratégies de reprise progressive ou de mi-temps thérapeutique. On ne peut plus compter sur un versement continu sans interruption réelle d’activité.
Maintien de salaire employeur : ce que votre convention collective change vraiment
Le Code du travail fixe un socle minimal, mais la majorité des salariés sont couverts par des dispositions plus favorables sans toujours le savoir. Les différences portent sur trois points précis :
- La suppression ou la réduction du délai de carence employeur (certains accords prévoient un maintien dès le 1er jour d’absence)
- Le niveau de complément : la loi prévoit 90 % du brut pendant 30 jours puis 66 % pendant 30 jours supplémentaires, mais des branches vont au-delà
- La condition d’ancienneté : fixée à un an par la loi, elle peut être abaissée par accord collectif
Vérifier sa convention collective avant un arrêt maladie évite les mauvaises surprises sur le bulletin. Le document est accessible sur le site de Légifrance ou auprès du service RH. Le code IDCC figure sur la fiche de paie.
Simuler ses indemnités d’arrêt maladie : les variables à ne pas oublier
On se concentre souvent sur le montant brut des IJSS, mais plusieurs paramètres modifient le net perçu :
- Les IJSS sont soumises à la CSG et à la CRDS, ce qui réduit le montant net d’environ un dixième par rapport au brut affiché
- Le prélèvement à la source s’applique sur le complément employeur, pas sur les IJSS versées directement par la CPAM (sauf subrogation)
- En cas de subrogation, l’employeur avance les IJSS et les intègre au bulletin : le salarié perçoit un seul versement, mais le détail ligne par ligne mérite vérification
La subrogation masque souvent le montant réel des IJSS sur le bulletin de paie. Quand l’employeur pratique la subrogation, le salarié ne voit pas la ventilation entre le complément employeur et l’indemnité Sécurité sociale. En cas de litige ou de contrôle, cette opacité pose problème.
Le piège des arrêts courts
Pour un arrêt de deux ou trois jours, la Sécurité sociale ne verse rien. Si la convention collective ne prévoit pas de maintien sans carence, la totalité de l’absence est déduite du salaire. Sur une paie mensuelle, la retenue se calcule généralement en jours calendaires (salaire mensuel divisé par 30), pas en jours ouvrés.
Ce mode de calcul est parfois plus favorable, parfois moins, selon la période du mois concernée. Demander au service paie la méthode appliquée avant de poser un arrêt court permet d’anticiper le montant exact de la retenue.
Accident du travail et maladie professionnelle : une carence qui disparaît
En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle reconnue, le délai de carence de 3 jours côté Sécurité sociale ne s’applique pas. Les IJSS sont versées dès le premier jour d’absence, et leur montant est plus élevé que pour un arrêt maladie ordinaire.
Côté employeur, le jour de l’accident est intégralement payé par l’entreprise. Le maintien de salaire complémentaire démarre ensuite sans délai de carence dans la plupart des conventions collectives.
Cette distinction a un impact direct : la qualification de l’arrêt détermine le point de départ de l’indemnisation. Un arrêt initialement déclaré en maladie ordinaire, requalifié ensuite en accident du travail, ouvre droit à un rattrapage des IJSS sur les jours de carence initialement appliqués.
Avec le plafonnement à 4 ans des IJSS pour les sinistres professionnels à partir de janvier 2027, anticiper la durée prévisible d’un arrêt long devient un réflexe à intégrer dès la déclaration initiale. Le calcul ne se fait plus uniquement sur les premières semaines, mais sur l’ensemble du parcours de soin.
